Im Zuge der Kolonisation des nordwestlichen niederösterreichischen Grenzgebietes gegen Böhmen durch die Kuenringer wurde die Pfarre Weitra vor 1182 gegründet. Der ursprüngliche Sitz der Pfarre war das heutige Altweitra. Hier errichtete der Kuenringer Hadmar II. die noch bestehende romanische Kirche, über die ihm 1197 Bischof Wolfker von Passau das erbliche Patronatsrecht bestätigte. Im Plan der von Hadmar II. in den ersten Jahren des 13. Jahrhunderts rund 3 km südwestlich von der Altsiedlung angelegten Burgstadt Weitra war für die neue Pfarrkirche ein markanter Platz vorgesehen: das Nordende des gegen Nordwesten stufenförmig abfallenden Granitplateaus, auf dem die Stadt entstand.

Auf die Stadtkirche wurden bald die Pfarr-Rechte von der Kirche in Altweitra übertragen. Weitra ist Mutterpfarre von Gmünd (um 1200 entstanden), Höhenberg, St. Martin und Unserfrau (alle noch im 13. Jahrhundert gegründet). Diese Filialen errangen im Laufe der Zeit in verschiedenem Maße Selbstständigkeit, trotzdem blieben bis in das 16. Jahrhundert rechtliche Bande zur Mutterpfarre bestehen: Der Pfarrer von Weitra, der immer dem jeweiligen Herrschaftsinhaber als Patronatsherren unterstand, übte seinerseits das Patronatsrecht über die genannten Tochterpfarren aus. Diese mussten auch jährlich dem Pfarrer von Weitra als Ersatz für die entgangenen Stolagebühren einen bestimmten Geldbetrag als "Pension" entrichten.

Die Bedeutung der Pfarre Weitra im Mittelalter bestätigt die Tatsache, dass zwei Pfarrherren von Weitra auch die Funktionen eines Weihbischofs ausübten: Johann Gasthauser (1423-1444 Pfarrer von Weitra, 1443-1444 auch Weihbischof) und Wolfgang Püchler (1451-1452 als Pfarrer von Weitra nachzuweisen, 1445-1475 Weihbischof). Ab 1559 wurde die Pfarre von protestantischen Predigern betreut. Schon 1581 setzte jedoch die Rekatholisierung ein, als der Katholik Wolf Rumpf Freiherr zum Wielroß mit der Herrschaft Weitra - und somit auch mit dem Patronat - belehnt wurde. Während der Zeit des vorherrschenden Protestantismus waren die rechtlichen Bande zwischen Mutterpfarre und Tochterpfarren gelöst worden. Das Patronatsrecht über diese übernahm schließlich um 1590 ebenfalls die Herrschaft Weitra, die 1606 endgültig in den Besitz der Familie Fürstenberg kam. Die Pfarrherren von Weitra standen oft als Dechanten dem Dekanat "am Langen Walde" vor, bis schließlich 1785 das Dekanat Weitra gegründet wurde. Dieses bestand bis zum Jahre 2008, als im Zuge der Strukturreform in der Diözese St. Pölten Dekanate zusammengelegt wurden. Der Kündigung des Patronatsrechtes durch den Patronatsherren im Jahre 1968 folgten nach längeren Verhandlungen 1974 die Ablösung und Auflösung des Patronates.

Die Bestände der Pfarrarchives sind im Pfarrhof untergebracht und beinhalten:

• Eine stattliche Reihe von 105 Urkunden (1358 - 1590).
• Akten zur Pfarr- und Dekanatsgeschichte (16. Jahrhundert bis lfd.)
• Archivalische Bücher, darunter als besonders bemerkenswertes Stück ein Grundbuch der Pfarrkirche bzw. des Pfarrzechamtes aus dem 14. und frühen 15. Jahrhundert. Die Matrikenbücher beginnen 1609 und sind geschlossen vorhanden.
• Eine ansehnliche Notensammlung kirchenmusikalischer Werke. Dr. Felix Wintermayr ordnete 1955 die Urkunden, ein Teil der Akten und der Grundbücher neu und listete sie in einem "Archiv- Verzeichnis" auf.

1966 wurden die umfangreichen weiteren Archivalien (Akten und Bücher) von Dr. Wolfgang Katzenschlager gesichtet, in die Bestände eingegliedert und in einem "Inventar des Pfarr- und Dekanatsarchives Weitra" verzeichnet. Laufend werden seitdem Akten und Bücher aufgenommen. Ein neues, erweitertes Verzeichnis wird demnächst angefertigt. Die historische Notensammlung wurde von Doris Zeilinger (Das alte Notenarchiv der Stadt Weitra, maschinschriftliche Hausarbeit, Krems 1981) inventarisiert.

Grundlegend ist das Regestenwerk von Alois Plesser: Beiträge zur Geschichte der Pfarre und Stadt Weitra, in: Geschichtliche Beilagen zum St. Pöltner Diöcesanblatt, 6. Band., S. 377 - 635, St. Pölten 1898. Ergänzungen dazu stammen ebenfalls von Alois Plesser und finden sich im 14. Band der Geschichtlichen Beilagen zum St. Pöltner Diözsanblatt, S. 1 - 28, St. Pölten 1954. Plesser, VI., S. ... bzw. Plesser, XIV., S. ... Plessers Regesten wurden weitgehend von Felix Wintermayr in seinem „Archiv - Verzeichnis“ 1955 übernommen. Wintermayr, Nr. ... Regesten bzw. Texteditionen einschlägiger Urkunden bringt Herbert Knittler in: Die Rechtsquellen der Stadt Weitra, Fontes Rerum Austriacarum, Dritte Abteilung: Fontes iuris, 4, Wien - Köln - Graz 1975. FRA 3/4, Nr. ...