Horažďovice vznikly před rokem 1279 jako poddanské město v Prácheňském kraji z osady, o níž je první zmínka v listině markraběte Přemysla, potvrzující dar zdejšího kostela s farou maltézskému řádu ve Strakonicích. V roce 1293 za Bavora III. bylo město vyjmuto z pravomoci krajských úředníků a podřízeno vrchnosti (inzert listiny Václava II. v L 1).

Od poloviny 13. století do roku 1850 byli držiteli horažďovického panství: pol. 13. století–1404 Bavorové ze Strakonic, 1404–1456 páni z Hradce, 1456–1459 Děpolt z Rýzmberka, 1459–1483 Kocovští z Kocova, 1483–1622 Švihovští z Rýzmberka, 1622–1719 Šternberkové, 1719–1721 Thunové, 1721–1755 Mansfeldové, 1755–1786 Löwensteinové, 1786–1834 Rummerskirchové a 1834–1945 Kinští.

Ze 14. století jsou ve fondu AM Horažďovice obsaženy listiny s majetkovými převody mezi měšťany navzájem i mezi vrchností a měšťany, týkající se především mlýnů (L 28–L 30). Tyto jsou uvedeny též v knize pamětní, datované (1371) 1459–1599 (inv. č. 54), do níž jsou však zapsány zpětně.

Z doby pánů z Hradce se dochovaly záznamy o převodech majetků, o postavení domku pro chudé Všeslavem z Jindřichovic roku 1435 s nadacemi od Mikuláše z Brloha (1442), Petra z Brloha (1442) a nadacích pro kostel sv. Petra a Pavla od Wáchy, řečeného Bruka (1454), a Petra Třísky (1455) (L 31, L 33, L 34, L 36 a L37).

Převody majetku mezi vrchností a poddanými jsou doloženy i za Děpolta z Rýzmberka (1456) (L 38).

Listiny o převodech majetku a o nadacích na chudé ze strany vrchnosti i samotných měšťanů se zachovaly i z období dalších držitelů, Kocovských z Kocova, jmenovitě Jana a Racka z Kocova (L 39 a L 40). Listinou ze dne 26. 10. 1463 potvrdil Jiří z Poděbrad městu privilegia a rozmnožil je o udělení výročního trhu svatohavelského (L 1). Listinou z 15. 6. 1467 (L 2) dal Jiří z Poděbrad mezi jiným zástavou Rackovi z Kocova vsi Babín a Veřechov za 700 kop grošů. Od roku 1475 se stal Racek z Kocova strůjcem nepokojů. V roce 1478 byly Horažďovice dobyty a rozhodnutím zemského soudu byl majetek Racka z Kocova rozprodán.

Horažďovice se dostaly do držení Švihovských z Rýzmberka. Město se řídilo právem Starého Města pražského a stalo se odvolací instancí pro Blatnou, Strakonice, Přeštice, Rábí a Švihov, a to až do vytvoření apelačního soudu. Listinou z 21. 8. 1497 jsou Půtou z Rýzmberka a na Švihově, nejvyšším sudím království českého, udělena měšťanům práva volného kšaftování a volného stěhování tak, jak je užívalo Staré Město Pražské. Horažďovičtí za tato práva zaplatili 50 kop grošů závdavku (L 3). Na žádost Půty z Rýzmberka udělil král Vladislav II. listinou ze 4. 3. 1502 Horažďovicím právo pečetit červeným voskem (L 4). Sám Půta Švihovský z Rýzmberka udělil listinou z 1. 9. 1503 městu právo vybudovat dva rybníky, určil výši poplatků z mlýnů a stanovil termíny platby (L 5). Za synů Půtových, Břetislava a Jindřicha, vyhořela roku 1523 téměř polovina města. Převor maltézského řádu Jan z Vartemberka potvrdil listinou z 22. 4. 1539 Horažďovickým, aby plat koupený ve vsi Mečichově ve výši 8 kop stříbrných grošů byl obrácen ve prospěch chudých v Horažďovicích a upřesnil způsob jeho vyplácení ke sv. Havlu a sv. Jiří (L 6). Po tom, co Břetislav prodal svou polovici Horažďovic synovci Václavovi (1561), pojistil listinou ze 2. 1. 1566 Horažďovickým právovárečné výsady (L 7). Spory mezi městem a vrchností (Václavem a Michalem Švihovskými) byly zakončeny vydáním listiny z 24. 8. 1570, v níž bylo Horažďovickým povoleno vařit si pivo pro svou potřebu a stanoven plat z každé várky. Zároveň bylo rozhodnuto, že nejsou povinni brát pivo z panských pivovarů (L 8). Zhruba totéž ustanovení se opakuje v listině z 25. 7. 1573, kde zároveň s právem mít školu a svobodně provozovat řemeslo potvrzuje Václav Švihovský prodej Račínovského dvora k usazení členů Jednoty bratrské (L 9). Další listinou (L 10) z 1. 10. 1578, potvrdil Václav Švihovský Horažďovickým výsady udělené jeho předky a upřesnil okolnosti vydávání zhostných listů městem, konání trhů, držení šenků a výši platů z vyšenkovaného vína, rybolovu atd. Svou přímluvou u císaře Rudolfa II. dosáhl Václav Švihovský udělení druhého trhu, povolení provozovat koňský trh přes celý půst každé úterý a jako náhradu za údržbu cest do Říše a mostu přes Otavu udělení práva vybírat clo (L 14).

Obec prováděla majetkové převody s vrchností vlastní i sousední. Za Václava Švihovského došlo tak ke smlouvě Horažďovických s Alexandrem Záborským z Brloha, kdy město upustilo od výsadní krčmy ve Slatině výměnou za platy městskému špitálu, listinou z 16. 10. 1578 (L 12). Sám Václav Švihovský zaměnil listinou z 22. 8. 1582 louku na Březové s obcí Horažďovickou za louku zádušní náležející k městskému špitálu (L 13). Za jeho nástupce, Karla Švihovského došlo opět ke sporům města a vrchnosti o majetek. Karel omezoval výsady Horažďovických a vzal jim jejich mlýn na Větrově. Město se obrátilo se žalobou na císařský dvůr a ustanovená komise – Petr Vok z Rožmberka, Volf Novohradský z Kolovrat a Adam ze Šternberka – rozhodla spor o mlýn tzv. Pustý, krčmu ve Veřechově, valchu a pily a zároveň vyšetřila krádež dříví Šebastiánem Vrkalem (L 16). Horažďovičtí podrželi své výsady, mlýn jim byl navrácen, ale zavázali se pánovi zachovávat poslušnost a někteří z nich byli pro odbojnost uvrženi do vězení v Bechyni. Listinou z roku 1592 prodal Karel Švihovský Horažďovickým dům uvnitř brány a přeložil šenk (L 17).

Ještě před bitvou na Bílé Hoře spadlo panství na císaře a poté bylo roku 1622 prodáno Adamovi ze Šternberka. Těsně před smrtí jako následku zranění při švédském útoku na Malou Stranu v roce 1648 potvrdil František Matyáš Karel ze Šternberka listinou z 10. 1. 1647 Horažďovicím privilegia (L 18). Za Václava Vojtěcha ze Šternberka byla městu poskytnuta vrchností nejen částka 520 zlatých, aby mohlo opravit 3 velkými požáry zničené domy, ale listinami Leopolda I. z 16. 1. a 15. 6. 1678 byl rozmnožen i počet trhů o 1 výroční a 1 týdenní a listinou Václava Vojtěcha ze Šternberka z 12. 3. 1681 potvrzena městská privilegia (L 19–21). Touto listinou byl ošetřen i postup při obnovování rad, určena úloha hraběcího rychtáře, který měl za povinnost účastnit se každého jednání městské správy, tedy byl přítomen i při skládání počtů zádušních, obecních a sirotčích. Městu byla potvrzena volnost při přijímání lidí katolické víry do obce a při jejich propouštění, povoleno volné nakládání s nemovitostmi – prodej, koupě, odkazování, jež bylo omezeno pouze zákazem odkazovat nemovitý majetek jako trvalé záduší ke kostelům, dále pak právo vysazování cechů, právo vaření piva a šenkování vína, pálení pálenky a konání 3 výročních trhů do roka. Měšťané byli i nadále osvobození od roboty. Pro malý počet podruhů bylo omezeno jejich využívání a stanoveno, aby jim byly služby propláceny. Vrchnostenská ochrana byla zaručena 10 párům Židů i s kantorem a bylo pojištěno předkupní právo vrchnosti na dům Harantovský (židovskou školu). Listinou byly přesně stanoveny poplatky měšťanů vrchnosti, např. z vaření piva, šenkování vína, odběru ryb, stání na trzích, apod.

Na přímluvu Eleonory z Mansfeldu, byl listinou Karla VI. ze 14. 1. 1738 opět rozmnožen počet výročních trhů v Horažďovicích, listinou z 6. 6. 1738 potvrzena městu privilegia Karlem VI. a listinou z 6. 4. 1747 Marií Terezií (L 22–24). Jindřich Pavel z Mansfeldu potvrdil městu další výsadu – lov zajíců, lišek a ptáků na obecních pozemcích (L 25). Na žádost Karla Tomáše, knížete z Löwensteinu, potvrdil Josef II. listinou z 16. 8. 1786 Horažďovickým privilegia, mezi jiným dva hlavní jarmarky, úterní přízové trhy po celý rok, dobytčí trhy a náboženskou svobodu, vycházející z tolerančního patentu (L 26). Za Josefíny, vdovy po Karlu Tomášovi z Löwensteinu, po prvním manželovi z Rummerskirchu, potvrdil znovu městská privilegia František II., listinou z 18. 4. 1793 (L 27).