Die älteste Urkunde im Stiftsarchiv St. Peter stammt aus dem Jahr 1006. Sie ist die einzige erhaltene Urkunde aus der Zeit vor dem Stadtbrand von 1127. Die Urkunden dienten der Absicherung des Besitzes und der Rechte des Klosters, sie waren Teil des Klosterschatzes und ihre Verwahrung oblag dem Abt.

1813 wurden im Auftrag von Montgelas Archivalien nach München verbracht, darunter Kaufs= Donations= und Bestätigungs=Urkunden (Akt 675 und Akt 672). Erst 1823 erfolgte nach wiederholten Versuchen die Rückgabe. 1942 bis 1948 gehörten die Bestände des Stiftsarchivs zum Reichsgauarchiv Salzburg/ Salzburger Landesarchiv. Die älteren und wertvolleren Urkunden wurden zum Schutz vor Bombenangriffen in das Salzbergwerk bei Hallein verbracht.

Die Urkundenreihe umfasst derzeit 5150 Signaturen, wobei einige Signaturen durch Subsignaturen unterteilt oder durch Beilagen angereichert sind. 1767 Urkunden sind bis zum Jahr 1500 vorhanden. Der größte Teil der Urkunden stammt aus dem 16. Jahrhundert. Es handelt sich bei diesen Urkunden meist um Urkunden der Urbarverwaltung (Verleihbriefe und Reverse). Um das Jahr 1869 wurden einige Pergament-Fragmente aus der Bibliothek der Urkundensammlung einverleibt. Die Urkunden des 19. und 20. Jahrhunderts sind zu einem großen Teil Ehrenurkunden, die Nachlässen entnommen wurden.

Das Kopialbuch des Abtes Dietmar verzeichnet alle Urkunden des Klosters bis zum Jahr 1280. Aus der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts stammt ein Registrum diversarum litterarum (Hs. A 510). Ein 1534 angelegtes Verzeichnis erfasst die Papsturkunden im Zeitraum 1534-1471 (Akt 2293).

Bis in die Zeit von Abt Amand Pachler (1657-1673) war das Archiv alleinige Angelegenheit des Abtes. Von Abt Amand Pachler stammt ein Archivium Monasterii s. Petri aus dem Jahr 1659 (Hs. A 511a), welches alle bis dahin im Stiftsarchiv vorhandenen Urkunden in Form von Kurzregesten erfasst. Die Signaturen bestehen aus einer Standortnummer (cista), einem Materienkürzel (Lit.) und einer fortlaufenden Nummer (No). Abt Beda Seeauer (1753-1785) führte eine Neuorganisation und Neusignierung des Archivs durch, wobei die thematische Ordnung der Urkunden annähernd gleich blieb (Hs. A 512). Im 18. und 19. Jahrhundert versuchten sich mehrere Stiftsarchivare an einer jeweils neuen Archivordnung. Mit der chronologischen Ordnung der Urkunden wurde in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts begonnen. Die gesamte Urkundenreihe wurde vom Stiftsarchivar P. Amand Bentze, der in den Jahren 1935 bis 1939 mehrere Archivrepertorien anlegte, als Gesamtes in Form von Kurzregesten verzeichnet. Zur Retrokonversion wurden hauptsächlich seine Repertorien herangezogen.

Im Laufe des 20. Jahrhunderts wurden der Urkundenreihe regelmäßig Urkunden hinzugefügt. Die Urkundenreihe weist rund 60 fehlende Objekte auf, über deren Verbleib bis auf eine Ausnahme (Urk. Nr. 1730 - 1501) nichts Näheres bekannt ist.

1772 publizierte Abt Beda Seeauer eine Stiftsgeschichte, welche die hausgeschichtlich wichtigsten Urkunden in Abschrift enthält. Teile der älteren, landesgeschichtlich relevanten Urkunden wurden im Salzburger Urkundenbuch von Willibald Hauthaler und Franz Martin publiziert. Die spätmittelalterlichen und frühneuzeitlichen Privaturkunden waren bislang kaum Objekte der Forschung.

Officia nach dem Urbar von 1230: 

• 1.) Hofstätten in Salzburg
• 2.) Amt Bürglstein (officium circa Pirgel): im Süden der Stadt in Parsch (Mönchhausen), Glas, Elsbethen (Campanif). [Die Stadtzinse und das Amt Bürglstein wurden später zum Munizipalamt Salzburg zusammengefasst. Elsbethen und Glas bildeten später gemeinsam mit Gütern in der Ebenau als neue Einheit das Amt Fager.]
• 3.) Amt Loig (officium de Leuge): im Westen der Stadt (Wals; Viehhausen; Loig; Gois; Mülln; Glanhofen; Weißbach; Marzoll) sowie Reichenhall. [Später mit Anif und Grödig, die vorher zum Amt Bürglstein gehörten, zum Amt Viehhausen vereint. Davon gesondert erhielt der Besitz in Reichenhall der zahlreichen der verpachteten Nutzgärten wegen als eigenes Amt den Namen officium hortorum].
• 4.) Amt Kuchl: südliches Salzburger Becken ( Dürrnberg; Hallein; Oberalm; Puch) [später Amt Weißenbach genannt: südlich von Hallein am Westufer der Salzach]
• 5.) Amt Abtenau: im Lammertal
• 6.) Amt Pongau: im Salzachtal um St. Johann und St. Veit (Urreiting; Einöden; Zederberg; Maurach; Schwarzach; Absdorf), an der Ginau bis Richtung Wagrain, in der Großarl eine Mühle
• 7.) Amt Pinzgau: Gastein; Piesendorf; Streubesitz in mehreren Salzachnebentälern von der Rauris bis Niedernsill, um Thumersbach und im Saalfeldener Becken, Teilung in Amt Ober-Pinzgau (Sitz Hundsdorf) und Unter-Pinzgau (Sitz Saalfelden bzw. Lofer)
• 8.) Amt jenseits der Saalach (officium ultra Salam): Rupertiwinkel bis an den Chiemsee und Mühldorf (Abtenham; Aspertsham; Bach; Berchtolding; Bergham; Fisching; Froschham; Gastag; Gepping; Haag; Haberland; Hainbuch; Hausen; Heining; Hipflham; Kammering; Kleingerstetten; Kothbrünning; Kugelthal; Kühnhausen; Lanzing; Laufen; Linden; Moosen; Niederbuch; Oberöd; Offenwang; Perach; Pietling; Querchtsfelden; Ragging; Reut; Ried; Ringham; Rohringham; Schign; Schnapping; Schrankbaum; Steinbrüning; Steinhögl; Stötten; Straß; Strußberg; Surheim; Tettenhausen; Triebenbach; Ufering; Unterhafing; Waging; Wallmoning; Weildorf; Wiesmühl; Arnolding; Krautenbach; Palling; Polsing; Sillersdorf; Spitz; Taching. [hieraus gingen die Ämter Weildorf; Traunstein; Mühldorf; Tittmoning und z. T. Eching hervor].
• 9.) Amt jenseits der Salzach: in Stadtnähe Anthering; Siggerwiesen; Moosham (bei Elixhausen); Ursprung; Mödlham; Gumprechting; Zaisberg; Seekirchen; Seewalchen; Baierham; Döttleinsdorf; Huttich; Zell (am Wallersee); Hilgertsham; Talham; Köstendorf. Nördlicher Teil: (ultra Vvbvch): Haunsberg; Weitwörth; Oberndorf; Arnsdorf; Eching, Besitzungen das Oichtental aufwärts bis ins Innviertel (Sauldorf bei Kirchberg/Mattighofen). [Die beiden Teile des Amtes wurden später zum Amt Seekirchen vereint.] Anm.: "Ämter vor dem Gebirge" sind: Abersee, Weildorf, Weißenbach, Eching, Reichenhall-Hortorum, Munizipalamt Laufen, Spitalamt, Seekirchen, Tittmoning, Viehhausen und Fager.
• 10.) Auswärtige Ämter: Breitenau; Krems und Arnsdorf

Einteilung der Urbare 16. Jhdt:

• Ämter vor dem Gebirge (Salzburg, Spitalamt, Fager, Viehhausen - Grödig, Anif, Links der Salzach), Weildorf, Traunstein, Mühldorf, Eching, Tittmoning, Seekirchen, Breitenau, Ernsting-Sauldorf
• Ämter im Gebirge: Pinzgau, Pongau, Abtenau, Weissenbach, Ennstal
• Niederösterreich: Krems, Arnsdorf, Dornbach
• Kärnten: Wieting

Friedrich Hermann und Adolf Hahnl: Salzburg, St. Peter. In: Germania Benedictina. Die Benediktinischen Mönchs- und Nonnenklöster in Österreich und Südtirol. Bd. III-3, St. Ottilien 2002, S. 263-408 [bes. S. 402-405].

Archiv St. Peter: Hs. A 510, Hs. A 511 a, Hs. A 512, Akt 672, Akt 675, Akt 2293