Die erste Erwähnung des Zisterzienserinnenklosters St. Nikolaus fällt in das Jahr 1200, als Dietricus von Hohenberg dem Kloster den Genuss von einem Pfund Geld aus seinem Besitz zu Brunne überträgt. Die eigentlichen Anfänge liegen im Dunkeln, doch scheint eine Gründung durch die Herzöge von Österreich aufgrund der Lage des Klosters - im heutigen dritten Wiener Bezirk, Bereich Salmgasse-Rasumofskygasse - wahrscheinlich, da der Landesfürst noch Ende des 13. Jahrhunderts über Grundbesitz in der Vorstadt verfügte. Die Kirche war "Unserer Lieben Frau" geweiht, doch setzte sich die Benennung nach der nahe gelegenen St. Niklas-Kapelle allmählich durch.

St. Nikolaus wurde des öfteren verwüstet oder beschädigt - so 1270 durch ungarische Streifscharen oder 1276 durch das Belagerungsheer Rudolfs von Habsburg -, daher stiftete der Wiener Bürger Paltram 1272 den Bau eines Filialklosters in der Stadt als Zufluchtsort für die Nonnen in Kriegszeiten; dieses ging 1385 durch Kauf an Herzog Albrecht III. über.

Ende des 13. Jahrhunderts umfasste der Konvent insgesamt 70 Schwestern, die erste namentlich bekannte Äbtissin war Menegardis (1276-1282). Aus Belegen und aus den Familiennamen der Äbtissinnen erkennt man, dass das Kloster vor allem Töchter des Adels und des Bürgertums vorbehalten war. Das Stift Heiligenkreuz fungierte als geistlicher Beistand, stellte die Beichtväter (u.a. Gutolf von Heiligenkreuz) und führte Visitationen durch.

1287 bestätigte Herzog Albrecht I. dem Kloster die Gerichtsbarkeit auf allen Klosterbesitzungen. Wichtig für die Nonnen waren auch die zollfreien Salzeinfuhren, die ihnen durch Privilegien der Herzöge von Österreich und Bayern und des Salzburger Erzbischofs gewährleistet wurden. In Wien selbst hatte St. Nikolaus Grund- und Burgrechte auf verschiedenen Häusern. Auch das 14. Jahrhundert war durch zahlreiche Geld- und Grundtransaktionen gekennzeichnet. Die Verwaltung des recht umfangreichen Grundbesitzes auf der Landstraße, in Grinzing, Hernals, Oberlaa und Mauerbach oblag einer Reihe von Amtsmännern, Bergmeistern und Schaffern.

Durch die Lage des Klosters "extra muros" wurde dieses zwischen 1440 und 1460 in die Befestigungsanlage der Stadt integriert; 1449 errichtete man den sogenannten Niklasturm, der die Vorstadt im Osten sicherte und mit dem Kloster durch Mauer und Graben verbunden war.

Trotz aller Verteidigungsanlagen wurde der Konvent 1461 durch Erzherzog Albrecht VI. erstürmt. 1485 war das Kloster Schauplatz der Eroberungspläne von Matthias Corvinus.

Beim Türkeneinfall von 1529 war St. Nikolaus zunächst als wichtiger Verteidigungspunkt auserkoren, wurde aber völlig zerstört. Die Nonnen, die hinter die Mauern Wiens geflüchtet waren, baten im folgenden Jahr den Landesfürsten um Rückgabe des einstigen Filialklosters, was ebenso wie die 1534 erbetene Erlaubnis zum Wiederaufbau des Kloster in der Vorstadt nicht gewährt wurde. Die Schwestern suchten daraufhin Aufnahme im Zisterzienserinnenkloster St. Bernhard bei Horn. Güter und Vermögen wurden auf das Chorherrenstift St. Dorothea und die Wiener Universität aufgeteilt. Bereits 1538 sind die Ruinen des einstigen Klosters abgetragen worden.

Sopie Liebenstein, Das älteste Wiener Frauenkloster: die Zisterzienserinnenabtei St. Niklas vor dem Stubentor. In: Sancta Crux 16 (1953/54) Heft 3, 5-10; 17 (1954/55) Heft 1, 14-18, Heft 2, 16-19, Heft 3/4, 16-20; 18 (1955/56) Heft 1/2, 12-15.

Hans Pemmer, Das Nikolaikloster auf der Landstraße. In: UH 38 (1967) 98-103.

Richard Perger u. Walther Brauneis, Die mittelalterlichen Kirchen und Klöster (=Wiener Geschichtsbücher 19/20, Wien 1977) 179-183.

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Benedict GSELL, Regesten aus dem Archive des Cistercienserstiftes Heiligenkreuz (=QGStW 1, Wien 1895). Zisterzienser-Chronik 12 (1900).

Rudolf Maurer, [Regesten 1400-1450].