Počátky kostela sv. Michaela archanděla ve Znojmě sahají do roku 1103, stavba v dnešním rozsahu pochází z 15. století. Již od roku 1226 zde vznikla samostatná duchovní správa, k níž patronátní právo vykonával zpočátku král, později znojemské klarisky a konečně pak město. V 16. století, kdy i ve Znojmě sílily vlivy protestantské, povolala městská rada ke kostelu sv. Michala luterské kazatele a zřídila při něm i školu. Po bitvě na Bílé hoře Ferdinand II. městu práva ke kostelu odňal a umožnil hraběti Michaelovi Adolfu z Althanu, aby kostel předal řádu jezuitů. Stalo se tak roku 1624. Jezuité ve Znojmě založili kolej a vedli gymnázium. Záhy byli nuceni věnovat se opravám kostela, protože v roce 1642 se jeho věž zřítila a svým pádem poničila i chrámovou loď. Po zrušení řádu roku 1773 byla do části koleje umístěna kasárna. V roce 1784 byla kolej využita pro státní gymnázium a kostel sv. Michala se stal filiálním k nově vzniklé farnosti při kostele sv. Kříže.

Farní archiv byl převzat do péče Státního okresního archivu ve Znojmě v roce 2004. Od roku 2013 je spravován Diecézním archivem Biskupství brněnského. Pergamenové listiny ze 16. století byly vydány k prezentacím oltářníků v kostele sv. Michala.

Fučík, B. - Nehyba, David: Farní úřad sv. Michala Znojmo 1513-1942. Manipulační seznam druhého typu, Znojmo 2004

Hrudička, Alois: Topografie diecese brněnské, Brno 1908, s. 706-715

Peřinka, František Václav: Vlastivěda moravská II, Místopis Moravy. Znojemský okres. Musejní spolek v Brně, Brno 1904, s. 47-143

Wolny, Gregor: Kirchliche Topographie von Mähren, meist nach Urkunden und Handschriften, Abtheilung 2, Brünner Diöcese, Band IV, Brünn 1861, S. 106-113