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In einem von der Stiftung Kulturgut Baden-Württemberg finanzierten Projekt wurden 1.760 Verzeichnungseinheiten von Urkunden aus den Jahren 1234 bis 1816 mit direktem Bezug zur Geschichte der Universität Heidelberg digitalisiert über die Server der UB online zur Verfügung gestellt. Es handelt sich vornehmlich um Urkunden der Päpste und Pfalzgrafen, der Bischöfe von Speyer und Worms sowie der Universität selbst und ihrer inkorporierten Klöster. In dem Archivbestand befinden sich somit nicht nur die frühen päpstlichen Privilegien für die Klöster sowie deren Rentengeschäfte und Memorienstiftungen, sondern vor allem auch die Erlaubnis zur Gründung der Universität Heidelberg durch Papst Urban VI. aus dem Jahre 1385 und die Gründungsurkunde des Pfalzgrafen von 1386. Zu erwähnen sind zudem die weiteren päpstlichen Privilegierungen und pfalzgräflichen Privilegienbestätigungen, Reformen und Urkunden mit den grundlegenden rechtlichen wie wirtschaftlichen Ausstattungen der Universität Heidelberg. Auch innere Angelegenheiten sowie private Stiftungen zugunsten der Universität haben ihren schriftlichen Niederschlag gefunden.
Das Archiv der im Jahr 1386 gegründeten Heidelberger Universität verwahrt zudem bis in das 13. Jahrhundert zurückreichende Urkunden, die aus Mitte des 16. Jahrhunderts inkorporierten Klöstern stammen. Die Universität wurde zum rechtlichen Nachfolger dieser geistlichen Institutionen und übernahm deren archivalische Überlieferung. Von ursprünglich sechs Klöstern und Stiften verblieben der Universität nach Verträgen mit dem Landesherrn ab dem Jahr 1563 noch drei: Das Kloster Lambrecht bei Neustadt an der Weinstraße, das Stift Zell und das Kloster Daimbach, beide waren im heutigen Donnersbergkreis gelegen. Auch diese waren jedoch dem Kurfürsten in einem Pachtverhältnis übergeben worden. Erst ab dem Jahr 1700 wurden die Besitzkomplexe in Eigenverwaltung übernommen und als Kollekturen und Schaffneien von der Universität verwaltet.
Im Rahmen des Digitalisierungsprojektes wurden die wichtigsten und umfangreichsten Provenienzen der Urkunden rekonstruiert und digital zusammengestellt:
