Die Stadt Zwettl entstand im 12. Jahrhundert im Zuge der Erschließung des Waldgebietes nördlich der Donau im Machtbereich und auf Initiative der Herren von Kuenring in einem tief eingesenkten Talbecken am Zusammenfluss von Kamp und Zwettl. Etwa 3 km flussabwärts befindet sich das von den Kuenringern 1137/38 gegründete, gleichnamige Zisterzienserkloster. In unmittelbarer Nähe der Siedlung Zwettl, vermutlich auf dem heutigen Propsteiberg, stand eine kuenringische Burg, die während des Ministerialenaufstandes von 1230/31, in dem die Kuenringer eine führende Rolle gespielt hatten, durch Herzog Friedrich II. zerstört wurde.

Den ältesten Teil des mittelalterlichen Stadtkerns bildet der auf einem vom Zusammenfluss von Kamp und Zwettl nach Nordwesten ansteigenden Felsplateau gelegene Straßenzug (heute Landstraße), welcher sich im Südwesten zu einem Dreiecksplatz (heute Haupt- und Dreifaltigkeitsplatz) angerartig weitet und der wahrscheinlich im 15. Jahrhundert durch das „Grötzl“ teilweise verbaut wurde. Vor 1230 kam es zur ersten planmäßigen Stadterweiterung gegen Norden hin, außerdem befestigte man die Siedlung mit einer Ringmauer, die allerdings im bereits erwähnten Ministerialenaufstand von 1230/31 zerstört, später aber wieder aufgebaut wurde. Die Stadtmauer hatte drei Tore und ursprünglich zehn Türme, von denen heute noch sieben erhalten sind. Die Vororte Syrnau und Ledererzeil unterstanden der städtischen Ortsobrigkeit, während der Oberhof zum Zisterzienserkloster und die Koppenzeil ab deren Gründung im Jahr 1487 zur Propstei Zwettl gehörte.

Am 28. Dezember 1200 privilegierte Herzog Leopold VI. „seine Zwettler Bürger“ (urbanos nostros Zwetlenses) mit denselben (Handels-)Rechten zu Wasser und zu Land, wie sie auch die Kremser Bürger besaßen. Dieser Akt dürfte im politischen Spannungsfeld zwischen dem kuenringischen Stadtherrn, dem Zisterzienserstift und dem Herzog zu sehen sein und lässt sich schwer interpretieren. Auch ist der konkrete Inhalt der erwähnten Rechte weder für Krems noch für Zwettl bekannt. Aus ihrer Erteilung lässt sich aber wohl ablesen, dass Zwettl damals bereits städtische Funktionen besaß oder dass man diese dem Ort zutraute. Das Leopoldinum bildet jedenfalls die Grundlage für alle späteren lehensrechtlich wirksamen Bestätigungsurkunden der österreichischen Landesfürsten für die Stadt Zwettl.

1312, nach dem Tod Leutolds I. von Kuenring-Dürnstein, kam die Stadt Zwettl an die Herren von Liechtenstein, von denen sie Herzog Albrecht V. im Jahr 1419 erwarb. Seitdem gehört Zwettl zu den landesfürstlichen und landsässigen Städten in Österreich unter der Enns. Die landesfürstlichen „Ämter“, zu denen unter anderem Landgericht, Zoll, Maut und Fischweide gehörten, verpfändete der Landesherr an vermögende adelige Familien. 1620 konnten die Zwettler Bürger diese Rechte um 5000 fl. erwerben.

Die ursprüngliche Pfarrkirche von Zwettl ist die auf einem Hügel über der Stadt gelegene heutige Propsteikirche. Dem Evangelisten Johannes geweiht, ging sie wohl aus einer kuenringischen Eigenkirche des 12. Jahrhunderts hervor. 1487 bestätigte Kaiser Friedrich III. die Gründung einer Propstei in Zwettl, zu der bereits 1483 die päpstliche Erlaubnis erteilt worden war. Die Pfarrkirche auf dem Berg wurde zur Kollegiat- und Propsteikirche, und die Pfarrfunktionen gingen auf die 1280 erstmals erwähnte Filialkirche in der Stadt über. 1751 löste Maria Theresia die Propstei Zwettl auf und verwendete deren Güter zur Dotierung der neugegründeten Ritterakademie in Wien.

Das 1295 erstmals genannte Bürgerspital lag ursprünglich außerhalb der Stadtmauer und wurde nach der Zerstörung durch die Hussiten (1427) innerhalb dieser gemeinsam mit einer dem heiligen Martin geweihten Kirche neu errichtet.

Die Bürgergemeinde sowie deren Organe treten bereits recht früh, nämlich an der Wende vom 13. zum 14. Jahrhundert, bei der Schlichtung von Streitfragen als Zeugen oder auch als Geschworenenkollegium in Erscheinung. Das Rathaus auf dem Unteren Platz (heute Sparkassenplatz 4) war im frühen 14. Jahrhundert in kuenringischem Besitz und wurde 1483 von der Zwettler Bürgerschaft erworben und seither bis 1856 als Rathaus verwendet.

In seiner Wirtschaftsstruktur entsprach Zwettl vom Spätmittelalter bis weit ins 19. Jahrhundert hinein dem Typus der Ackerbürgerstadt mit einer breiten Streuung gewerblicher Tätigkeit. Um die Mitte des 18. Jahrhunderts bestanden in der Stadt 14 Handwerkszünfte, von denen jene der Tuchmacher die bedeutendste war. Durch landesfürstliche Privilegien erhielt Zwettl im Laufe der Zeit drei Jahrmärkte und im 19. Jahrhundert einen Pferdemarkt. Der Wochenmarkt wurde in frühneuzeitlicher Zeit an Montagen abgehalten.

Mit der 1849 erfolgten Neuorganisation der Verwaltungsbehörden wurde Zwettl Sitz einer Bezirkshauptmannschaft und eines Bezirksgerichts sowie in weiterer Folge von verschiedenen anderen Ämtern, Behörden und Institutionen. Zwettl behielt aber, anders als vergleichbare Bezirksstädte, lange Zeit den Charakter einer Ackerbürgerstadt mit kleinbetrieblichen Strukturen in Handel und Gewerbe. Erst in der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts wandelte sich Zwettl zunehmend in eine Schul-, Dienstleistungs- und Einkaufsstadt, in der auch der Fremdenverkehr wachsende Bedeutung erlangte. 1970/71 schlossen sich 13 ehemals selbstständige Gemeinden zur Stadtgemeinde Zwettl-NÖ mit einer Fläche von 256 km2 zusammen.

Der gesamte Archivbestand ist seit 1982 im Stadtamt Zwettl (Gartenstraße 3) untergebracht. Hier befinden sich: