Listinný fond pražské univerzity vznikl až v moderní době, protože do reformy univerzity let 1609-12 se vlastně jednalo o několik písemných souborů do značné míry samostatných univerzitních korporací, spojených do jednoho obecného učení. Jde o několik vydavatelských a příjemeckých okruhů: univerzita jako celek, fakulty, koleje, národy a kaple. V listinném archivu pražské univerzity převažují dokumenty, jichž byla univerzita příjemcem. Z vlastního univerzitního materiálu je zastoupen úřad rektora, který reprezentoval univerzitu jako celek. O existenci kanceláří a archivů středověkých fakult a kolejí není žádných pochyb, archivy univerzitních národů nebo kaplí můžeme však pouze předpokládat.
Dochovaný listinný materiál pražské univerzity představuje reprezentativní vzorek původního univerzitního archivu. Přes četné ztráty husitského období (1. poloviny 15. století), přes převod části písemností do jezuitského řádového archivu, přes ochuzení archivu v prvé polovině 19. století předáním písemností do archivu dnešního Národního muzea a nakonec i přes ztrátu dvou nejvýznamějších listin z roku 1347 a 1348 na konci II. světové války, se univerzitní listinný archiv dochoval až v neuvěřitelné úplnosti.
Podstatná část původních univerzitních listin je uložena ve fondu Listiny Archivu Univerzity Karlovy, který obsahuje celkem 236 kusů písemností z let 1322 – 1997. Současné členění respektuje historicky vytvořený stav, vzniklý v 19. století, kdy univerzitní listiny byly rozděleny do dvou částí (řada I a II). Prvou řadu tvoří listiny panovníků, papežů, pražských arcibiskupů a jejich úředníků, fundační a donační listiny kolejí, kaplí, fakult a také skupina písemností spojených s činností Mistra Jana Husa. Druhá listinná řada, jejímž základem je 82 písemností delimitovaných z archivu Národního muzea v Praze v r. 1943, obsahuje písemnosti většinou soukromoprávní povahy. Nové přírůstky (např. univerzitní diplomy 18. až 20. století) tvoří součást řady II.
Univerzitní fundační privilegia papeže Klimenta VI. z r. 1347 a krále
Karla IV. z r. 1348 (sign. I/1-2) patří ke ztrátám II. světové války. Nejstarším dokumentem pražského univerzitního archivu je listina z roku 1322 (sign. II/1), týkající se jedné z vesnic Karlovy koleje. Naopak nejmladší je konfirmace papeže Jana Pavla IV. z r. 1997 potvrzující listinu papeže Klimenta VI. z r. 1347. První dochovanou listinou vydanou univerzitní institucí jsou tzv. Ordinationes Arnesti, univerzitní statut z r. 1360, vydaný univerzitním kancléřem Arnoštem z Pardubic. Listiny Karlovy koleje se týkají převážně majetkových záležitostí a soudních sporů kolejních poddaných. Listiny ostatních kolejí, s výjimkou fundačních privilegií, se zachovaly jen sporadicky. Rektorovy (celouniverzitní) listiny, které měly často podobu notářských instrumentů sestavovaných univerzitním notářem, jsou specifikem středověkého listinného materiálu pražské univerzity. Nejtypičtější fakultní písemnosti, diplomy absolventů (bakalářů a mistrů), se v originále nedochovaly. Z artistické fakulty pochází potvrzení o studiu nebo kvitance na zaplacení dluhu. Samotnými členy fakult byly vydávány ohlášení přednášek nebo disputací, jinde obvyklé majetkové převody mají zvláštnost v jediném doloženém případu prodeje knihy.
Celý soubor listin pražské univerzity je nyní k disposici v digitalizované podobě s obvyklým diplomaticko-sfragistickým popisem pro studijní i reprodukční účely. Obrazovou část tvoří avers a revers dokumentu a líc a rub pečetí. Popis dokumentu obsahuje údaje o uložení, místu vzniku, dataci, jazyku, a regest písemnosti. Připojen je popis vnějších znaků (rozměry, psací látka, dochování apod.) a základní literatura.
