Klostergründerin von Rupertsberg ist die hl. Hildegard von Bingen (gest. 1179). Sie lebte seit 1106 in der Frauenklause der Benediktinerabtei Disibodenberg und leitete ab 1136 den Frauenkonvent. Um 1150 verließ sie mit ihren Nonnen das Doppelkloster und bezog auf dem Rupertsberg bei Bingen ein eigenes Kloster. Am 1. Mai 1152 weihte der Mainzer Erzbischof Heinrich I. die neu erbaute Klosterkirche. 1158 gelang die institutionelle Lösung vom Mutterkloster. Das Vermögen wurde aufgeteilt und die rechtlichen Beziehungen zwischen Disibodenberg und Rupertsberg geregelt. Dank Hildegards Schaffenskraft und Ansehen blühte die Benediktinerinnenabtei Rupertsberg rasch auf. Der reiche Grundbesitz des Klosters konzentrierte sich in Rheinhessen und im Nahegebiet.

Im Rheingau, auf der gegenüberliegenden Seite des Rheins bei Rüdesheim, entstand unter dem Einfluss Hildegards das Benediktinerinnenkloster Eibingen. Es war, wie eine Urkunde von 1268 bezeugt, der Aufsicht der Rupertsberger Äbtissin unterstellt. 1493 wurde in Rupertsberg die Bursfelder Reform eingeführt. Da der Eibinger Konvent 1575 nur noch drei Nonnen zählte, mussten diese auf erzbischöflichen Befehl umsiedeln, die Klosteranlage bezogen Augustinerinnen. Die Rupertsberger Äbtissin erreichte die Rückerstattung und Inkorporation des Klosters Eibingen. Daher wurden Rupertsberg und Eibingen seit 1603 in Personalunion geleitet, die Äbtissinnen führten den Titel "von Rupertsberg und Eibingen".

1632 wurde das Kloster Rupertsberg durch schwedische Truppen weitgehend zerstört. Am Ort war kein klösterlicher Neubeginn möglich. Die Rupertsberger Schwestern siedelten dauerhaft nach Eibingen über, das damit 1642 Rechtsnachfolger des Rupertsbergs mit allen Besitzungen, Rechten und Privilegien wurde. Auf dem Rupertsberg bestand bis zur französischen Herrschaft noch ein Eibinger Wirtschaftshof, der 1801 als staatliche Domäne versteigert wurde.

Das älteste erhaltene Archivrepertorium ist Best. 164 Nr. 382 von 1623. Während des 30jährigen Kriegs flüchteten die Rupertsberger Nonnen mit ihren Archivalien zunächst nach Köln, brachten das Klosterarchiv dann aber 1636 in ihr Schwesterkloster Eibingen, das 1642 in die Rechtsnachfolge der Abtei Rupertsberg eintrat. 1789 verlagerten die Nonnen ihr Klosterarchiv für kurze Zeit nach Alzey, seit 1795 befand es sich wieder in zehn Kisten im Kloster Eibingen.

Nach dem Frieden von Lunéville wurde der Rheingau dem Fürsten von Nassau-Usingen zugesprochen. Schon vor der Klosteraufhebung, die 1814 erfolgte, wurde das Klosterarchiv 1805 zur Hofkammer nach Wiesbaden verbracht. Dort teilte man die Archivalien in linksrheinische und rechtsrheinische Betreffe auf. Die Unterlagen, die das Kloster Rupertsberg und die linksrheinischen Orte betrafen, wurden 1809 an die französische Verwaltung übergeben und kamen so in das Regierungsarchiv des Rhein-Mosel-Departements in Koblenz.

Daher liegen im Landeshauptarchiv Koblenz in Best. 164 heute Urkunden, Akten und Amtsbücher der linksrheinischen Gebiete und zur Klosterverwaltung Rupertsberg.

Andreas Hedwig, Bingen, Rupertsberg, in: Friedhelm Jürgensmeier (Hg.), Die Männer- und Frauenklöster der Benediktiner in Rheinland-Pfalz und Saarland, in: Germania Benedictina 9, München 1999, S. 65-77.

Matthia Eiden, Eibingen, in: Friedhelm Jürgensmeier, Franziskus Büll (Hgg.), Die Männer- und Frauenklöster der Benediktiner in Hessen, in: Germania Benedictina 7, München 2004. S. 125-151.