Nachdem Papst Pius II. im Jahr 1459 seine Genehmigung gegeben hatte, wurde im Jahr 1472 von Herzog Ludwig dem Reichen von Bayern-Landshut in Ingolstadt eine Universität gegründet. Zur allgemeinen Versorgung und insbesondere zur Besoldung der Professoren wurde die Universität mit Grundbesitz in der näheren und weiteren Umgebung von Ingolstadt ausgestattet. Als Hauptgebäude der Universität diente unter der Bezeichnung „Altes Kolleg“ fortan das auf eine Stiftung von Herzog Ludwig dem Bärtigen von Bayern-Ingolstadt zurückgehende Pfründnerhaus. Nachdem der Universität zur finanziellen Ausstattung üppige Stiftungen, konkret ein Kanonikat im Eichstätter Domkapitel sowie die Hauptpfründen der alten Ingolstädter Pfarreien St. Moritz und zu Unserer Schönen Lieben Frau, einverleibt, Zahlungen aus Pfarreien der Herzogsstadt Landshut sowie Einkünfte des Ingolstädter Franziskanerklosters übereignet und Güter des Augustiner-Chorherrenstifts Schamhaupten (vgl. unten) zugeschlagen worden waren, verfügte die vielfach privilegierte Institution in Bayern über erhebliche Vermögenswerte. Dementsprechend verwundert es nicht, dass die Universität Ingolstadt zeitweilig zu den reichsten Einrichtungen dieser Art im Deutschen Reich zählte. Den diese Rechte sichernden Urkundenbestand verwahrte das 1497 im Alten Kolleg eingerichtete Archiv der Universität Ingolstadt. Die Universität blieb bis 1800 in Ingolstadt, wanderte zusammen mit den Archivbeständen im genannten Jahr nach Landshut – wo sie den Namen Ludwig-Maximilians-Universität annahm – und 1826 nach München, wo sie sich noch heute befindet.

Der Urkundenschatz des Universitätsarchivs München zergliedert sich im Wesentlichen in die beiden Bestände UAM, A und UAM, J. Der bei weitem größte Teil dieser Urkunden behandelt die genannten Vermögenswerte; andere, damit zusammenhängende Urkunden beziehen sich auf die Universität als Grundherrschaft. Der Urkundenfonds Universität Ingolstadt kann als weitgehend provenienzrein, was die Empfängerüberlieferung betrifft, bezeichnet werden. Die vor 1472 einsetzenden Provenienzen betreffen meist grundherrliche Rechte an Besitzungen, die später an die Hohe Schule übergingen. Allerdings beinhaltet der Bestand UAM, A mehrere Stücke mit Landshuter Provenienz, insbesondere des dortigen Dominikanerklosters (vgl. unten). Bei den Urkunden selbst handelt es sich fast ausschließlich um sog. Privaturkunden; es finden sich insgesamt nicht mehr als zwei Papsturkunden, und Kaiser- oder Königsurkunden sind überhaupt nicht auszumachen. In 30 überlieferten Stücken treten bayerische Herzöge bzw. Kurfürsten als Aussteller auf, während in 17 erhaltenen Urkunden Bischöfe aus Eichstätt, Augsburg, Regensburg, Freising und Chiemsee erscheinen. Ganze drei Originale wurden von den Klöstern Niederaltaich und Frauenchiemsee ausgefertigt. In chronologischer Hinsicht stößt man auf zehn Stücke des 14. Jahrhunderts, 48 Stücke des 17. Jahrhunderts, 17 Stücke des 18. Jahrhunderts sowie auf neun Stücke des 19. Jahrhunderts. Mit den übrigen rund 360 Ausfertigungen, also etwa 80 % der Urkunden, liegt der quantitative Schwerpunkt der Bestände eindeutig auf dem 15. und 16. Jahrhundert. Diese Urkunden bieten eine breite Quellengrundlage für vertiefte Darstellungen zur Geschichte der Universität Ingolstadt am Übergang vom Spätmittelalter zur Frühen Neuzeit. In jedem Fall stellen sie ein Komplementär dar zu den Quelleneditionen von Johann Nepomuk Mederer, Karl Prantl und Arno Seifert. Hervorzuheben ist, dass der Fonds bereits unter sphragistischen und paläographischen Gesichtspunkten untersucht wurde.

Die intensive Verzeichnung der Urkundenfonds des Universitätsarchivs München wurde in den Jahren 2005 bis 2015 durch die Wissenschaftlichen Hilfskräfte Dr. Sebastian Gleixner, Ellen Bošnjak M.A. und Albert Kopp M.A. bewerkstelligt. In Analogie zum Urkundenbestand des Herzoglichen Georgianums wurde für den des Universitätsarchivs eine zweifache Präsentation angestrebt: einmal nach klassischen Regeln gestaltete Regesten in gedruckter Form, zusätzlich aber auch auf Monasterium, dem virtuellen Urkundenarchiv Europas, einsehbare Volldigitalisate der originalen Urkunden mit ausführlichen Metadaten. Während der Verzeichnung stellte sich heraus, dass ursprünglich ein erheblich umfangreicherer Urkundenschatz vorhanden war: Im Jahr 1978 wurden im Rahmen einer Beständebereinigung diejenigen Klosterarchive, die 1606 bzw. im Vorfeld der Säkularisation von 1802/03 zusammen mit den dazugehörigen Grundstücken und Bauwerken an die Universität Ingolstadt bzw. Landshut gefallen waren, an das Bayerische Hauptstaatsarchiv abgegeben, wo sie noch heute verwahrt werden. Konkret handelte es sich um die Archive des Augustiner-Chorherrenstiftes Schamhaupten bzw. des Zisterzienserinnenklosters Seligenthal, des Dominikanerklosters Landshut und des Franziskanerinnenklosters Landshut.

Ursprünglich war im Archiv der Universität Ingolstadt noch ein über die genannten Bereiche hinausgehender Urkundenbestand vorhanden. Georg Anton Will und Friedrich Karl Gottlob Hirsching berichteten darüber 1778 – 1791: „In dem Archiv, über welches Herr Professor Prugger die Aufsicht hat, fanden wir außer den schönen Universitäts-Matrikeln, die allerley Malereyen haben, den Privilegien, und den verschiedenen kostbaren Pokalen, herrliche Urkunden von Kaisern, Bayrischen und Schwäbischen Herzogen, und Päbstliche Bullen. Die Schwäbischen Klöster haben sie bey ihren Streitigkeiten mit weltlichen Herren, besonders den Würtenbergischen Grafen und Herzogen, hieher geflüchtet und niedergeleget, und sie werden allhier ausser Zweifel ewig verwahret bleiben. Abgedruckt sind sie wol meistens, besonders in den Besoldischen Sammlungen. Aber die Siegel verdienten in Kupfer gestochen zu werden und würden einen feinen Beytrag zur Sphragistik geben. Die älteste Urkunde, die uns vorkam, war vom Herzog Friedrich in Schwaben von 1189. in länglichter Form.“ – „Der Weg aber, wie diese Urkunden hieher gekommen, ist wenig bekannt. Es war Christoph Besold, Lehrer der Rechte zu Tübingen, der seinem Vaterlande und seiner Religion treulos wurde, nach Ingolstadt flüchtete, und wichtige Dokumente dahin mitnahm, der er sich zur Zeit des westphälischen Friedensschlusses, in dem Streite der Klöster über ihre Unabhängigkeit von dem Herzoge, bediente, auch einen Theil davon in eigenen, jetzt seltenen Werken, deren Titel ich hier anführen will, abdrucken ließ. […]“

Der Bestand UAM, J berührt in erstaunlicher Fülle Ingolstädter Angelegenheiten in den verschiedensten Ausprägungen, beispielsweise zum Stiftungswerk Herzog Ludwig des Bärtgen; die Urkunden sind schlicht chronologisch gereiht. Nach einer älteren, im Detail zu überprüfenden Übersicht gliedert sich der Bestand UAM, A wie folgt:

A-I, Stiftungsurkunden und Privilegien (Kriegsverlust);

A-II, Vermögensurkunden der Universität allgemein und in den Orten 1. Aichach, Appertshofen, Buch, Haunzell, Neuburg an der Donau, 2. Niederhaunstatt, 3. Pobenhausen, Oberlauterbach, Schamhaupten, Steinsdorf, Tetting, Töging, Wittenhausen, 4. Ingolstadt, 5. Berchtersdorf, Demling, Ebenhausen, Fünfstetten, Grafenburgheim, Landau an der Isar, Moos bei Burgheim, Reichertshofen, Thierhaupten, Zum Bach, Kühbach;

A-III, Vermögensurkunden der Universität allgemein und in den Orten Abensberg, Schongau, Wemding und Urkunden über die Universitätsangehörigen (Fertigungsrecht, Testamentsexekution);

A-IV, Vermögensurkunden der Kirche Unserer Lieben Frau und des Pfründnerhauses in den Orten 1. Aichach, Demling, Ebenhausen, Hirnbrunn, Moosau bei Hirnbrunn, Ingolstadt, Kösching, 2. Niederhaunstatt, Sulzbach, Urthensheim, Wittenhausen, Sunningen, Zuchering;

A-V, Ewiggeldurkunden;

A-VI, Urkunden über Bestätigungen, Erklärungen, Quittungen, Übergaben, Urteile, Verkäufe ohne Beteiligung der Universität;

A-VII, Urkunden geistlicher Institutionen, vor allem Gebetsverbrüderungen mit dem Dominikanerkloster Landshut und Jahrtagsstiftungen.

Bei den Regesten wurden folgende spezielle Abkürzungen verwendet: A = Aussteller, E = Empfänger, S = Siegler, Z = Zeugen.