Den Ursprung und Kern des Archivs des Erzstiftes Salzburg bilden die Urkundenüberlieferung und die aus dem 8./9. Jahrhundert stammenden Besitzverzeichnisse (Notitia Arnoninis, Breves Notitiae). Im späten Mittelalter wurden die ersten drei Bände der Salzburger Kammerbücher, die entgegen ihrem Namen keine Rechnungsunterlagen sondern Urkundenabschriften beinhalten, angelegt. Das Urkundenarchiv wurde nicht in der Kanzlei, sondern als Teil des Schatzes zur Sicherung der Rechtstitel in der erzbischöflichen Kammer aufbewahrt. Die Archivverwaltung selbst muss im Mittelalter als sehr bescheiden angesehen werden und erschöpfte sich in kurzen Rückvermerken auf den Originalurkunden.Eine erste große Gefährung des erzstiftischen Archivs brachte der Salzburger Bauernkrieg mit sich. Nachdem die aufständischen Bauern die Stadt Salzburg eingenommen und Erzbischof Matthäus Lang auf der Festung Hohensalzburg belagert hatten, drangen sie am Morgen des 6. Juni 1525 in die erzbischöfliche Kanzlei und in die Kammer ein und richteten nach Aussage der Jordan-Chronik "merklichen großen Schaden" an. Tatsächlich dürften die Bauern aber nur urbarielle Unterlagen zerstört haben, das eigentliche Urkundenarchiv, das auch als "Hauptarchiv" oder "Geheimes Archiv" bezeichnet wurde, blieb von den Aufständischen aber verschont.Im Zug der folgenden Neuordnung der erzstiftischen Unterlagen wurden auch für den Urkundenbestand erstmals Findbehelfe angelegt. Sie gliedern sich in die Rubriken "Res ecclesiasticae", "Res status" und "Res camerae"; diese Grundordnung wurde bis zum Ende des Erzstiftes und zur Verbringung des Archivs nach Wien (1806) beibehalten. Durch diese Verzeichnisse, die im Lauf der Zeit immer wieder erweitert und ergänzt wurden, konnte den Bedrohungen des Archivs, die ihm aus seiner mangelhaften Betreuung und durch unkontrollierte Entlehnungen erwuchs, entgegen gewirkt werden. Unter Erzbischof Wolf Dietrich wurde das Archiv schließlich aus der Obhut der Kammer herausgelöst und der Hofkanzlei unterstellt, jedoch wurde das Archiv auch weiterhin nur durch einzelne Beamte neben ihrer Kanzleitätigkeit beaufsichtigt und betreut. Zu ihnen zählte zu Beginn des 17. Jahrhunderts der bekannte Salzburger Chronist Johann Stainhauser, der sich selbst nicht ohne Stolz als "Hochfürstlich Salzburgischer bestellter Secretarius und der zeit Archivi registrator" bezeichnete. Der Gefährdung des Archivs, die immer wieder zu beobachten war, wirkten vor allem die Sedisvakanz-Visitationen entgegen. Bei jeder Zwischenregierung des Domkapitels wurde auch das Archiv von zwei Domherren visitiert; bei größeren Missständen gaben sie Auftrag entlehnte Stücke wieder einzufordern und die Ordnung im Archiv wieder herzustellen. Dadurch blieb das erzstiftische Archiv zumindest in einem brauchbaren, wenngleich kaum befriedigendem Zustand. Die Salzburger Erzbischöfe der Neuzeit konnten sich nicht entschließen einen eigenen Beamten als Archivar anzustellen. Falls, wie unter Erzbischof Simund II. 1756 geschen, Franz Thaddäus von Kleimayrn wirklich als "Geheimer Archivar" bestellt wurde, wurde er bereits in den Folgejahren als Hofrat und Hofbiblithekar vermehrt für andere Aufgaben eingesetzt, was ihn jedoch nicht hinderte grundlegende Werke zur Geschichte Salzburgs zu verfassen ("Unpartheyische Abhandlungen", "Juvavia").

Das Urkundenarchiv der Salzburger Erzbischöfe war während des Mittelalters und der frühen Neuzeit in der Salzburger Residenz untergebracht. Gegen Ende des 17. Jahrhunderts wurde es in den sogenannten "Neubau" (Neugebäude, Glockenspielgebäude), dem zweiten wichtigen Verwaltungsgebäude der erzstiftischen Zeit, übersiedelt. Im Jahr 1773 wanderte das Geheime Archiv wieder in die Residenz zurück, wurde aber völlig unzulänglich aufgestellt. Mit den Beginn der Koalitionskriege begann auch die Zeit der Flüchtungen des Urkundenarchivs, so 1796 nach Radstadt,1797/1798 nach Prag, 1800/1801 nach Wiener Neustadt und Schloss Schwarzau in der Steiermark.Die kurfürstliche Regierung brachte auch dem Archivwesen großes Interesse entgegen; mit dem Archiv der Hofkanzlei (Geheime Registratur) wurde auch das Urkundenarchiv (Geheimes Archiv) neuerlich im Neubau aufgestellt. Archivrat Adam Josef Emmert nahm eine Neuordnung des Urkundenarchivs vor, die bereits in der Zeit von Erzbischof Hieronymus (1772-1803) als nötig angesehen, nach den Flüchtungen jedoch unumgänglich notwendig war. Der frühere Berchtesgadener Archivar Josef Knechtl hielt die Registraturen der laufenden Verwaltung evident.

Mit der ersten Angliederung Salzburgs an die Habsburgermonarchie im Jahr 1805 kam es auch in der Salzburger Archivlandschaft zu massiven Veränderungen. Gemäß dem Artikel 10 des Preßburger Friedens vom 26. Dezember 1805 fiel Salzburg mit Berchtesgaden, das seit 1803 zu Salzburg gehörte, an Österreich. Am 29. April 1806 erging der Auftrag, das Geheime Archiv (Urkundenarchiv), die Geheime Registratur und das Berchtesgadener Archiv nach Wien abzuliefern. Insgesamt wurden Archivalien in 70 Kisten mit einem Gesamtgewicht von ca. 15 Tonnen nach Wien gebracht. Den Kern bildete dabei das Geheime Archiv, das alte Urkundenarchiv des Erzstiftes Salzburg, mit seinen rund 11.500 Originalurkunden. Die beiden "jungen, fachkundigen" Archivare Emmert und Knechtl, die das Staatsarchiv von Salzburg mit übernahm, erhielten den Auftrag, die Akten und Urkunden chronologisch zu verzeichnen und einzuteilen. Es entstand aber damals offenbar nur das bis 1300 reichende, von Knechtls Hand geschriebene Repertorium, das die Urkunden der Salzburger Kammerbücher, des Domkapitels und der geistlichen Abteilung des erzstiftischen Archivs in einer chronologischen Reihe enthält.

Die Salzburger Urkunden wurden in die chronologische Reihe der Allgemeinen Urkundenreihe (AUR) des Staatsarchivs (heute Haus-, Hof- und Staatsarchiv) eingegliedert. Nur ein sehr kleiner Teil von Salzburger Urkunden blieb damals in Salzburg zurück, was haupsächlich dadurch begründet war, dass diese Urkunden zur Abwicklung der Verwaltungsaufgaben noch in Verwendung standen oder diese Urkunden als Beilagen in anderen Aktenbeständen nicht unmittelbar greifbar waren. Aufgrund des Koalitionskrieges des Jahres 1809 ging Salzburg für die Habsburgermonarchie verloren und wurde von Bayern und Franzosen besetzt; die neuen Besitzer Salzburgs forderten von Wien umgehend die Auslieferung der Salzburger Archive, die binnen zwei Monaten erfolgen sollte; eine diesbezügliche Weisung des Staatsarchivdirektors Hormayr erging am 6. November 1809 an Knechtl nach Temesvár, wohin damals mit dem gesamten Staatsarchiv auch die Salzburger Archivalien geflüchtet worden waren. Man ließ jedoch die Sache "liegen", die Auslieferung erfolgte in der Tat nicht, und als nach wenigen Jahren, 1816, Salzburg an Österreich zurückkam, war ihr die Grundlage entzogen. Im Münchener Vertrag vom 14. April 1816 wurde das alte Gebiet des Erststiftes Salzburg geteilt und die Gerichte westlich von Saalach und Salzach (Rupertiwinkel) verblieben bei Bayern; deshalb beschränkten sich die Ansprüche Bayerns auf diejenigen Archivalien, die diese Gebiete betrafen (das waren die ehemaligen Gerichte Waging, Tittmoning, Teisendorf und Laufen sowie das Gebiet der ehemals salzburgischen Enklave Mühldorf am Inn). Salzburger Originalurkunden wurden nach München nur ausgeliefert, wenn ihr Inhalt ausschließlich die früher aufgezählten an Bayern abgetretenen Gebiete betraf. Die Auslieferungen erfolgten, von Knechtl geleitet, im Zeitraum von 1817-1821, und zwar verteilen sie sich auf die einzelnen Jahre wie folgt: 1817 wurden über 30 Urkunden aus dem Salzburger Domkapitelarchiv ausgeliefert, 1818 folgten noch 30 Salzburger Urkunden. 1820 wurden 203 Salzburger Urkunden an Bayern abgegeben, darunter Urkunden Ottos I. von 959, Ottos II. von 976 und Heinrichs IV. von 1062 (fast alle stammen aus dem Archiv des Domkapitels, nur einzelne aus der Geistlichen Abteilung, z. B. die Urkunde Erzbischof Eberhards vom 24. Februar 1218 über die Errichtung des Bistums Chiemsee). 1821 schließlich erfolgte die letzte Auslieferung von über 100 Salzburger Urkunden. Im ganzen wurden also etwas über 350 Salzburger Urkunden an Bayern ausgeliefert. Diese befinden sich heute noch immer im Bayerischen Hauptstaatsarchiv in München und werden im Rahmen des Monasteriumprojektes ebenfalls zugänglich gemacht.

Im übrigen ist der am Anfang des 19. Jahrhunderts nach Wien verbrachte Urkundenbestand des erzstiftischen Salzburger Archivs mit ca. 11.500 Urkunden fast ungeschmälert im Haus-, Hof- und Staatsarchiv in Wien erhalten geblieben. Er umspannt den Zeitraum von (789) 816-1806 und besteht aus drei Abteilungen, der Politischen Abteilung (Res status) und der Kameralabteilung (Res camerae) mit jeweils ca. 5.000 Urkunden und der Geistlichen Abteilung (Res ecclesiasticae) mit ca. 1.500 Urkunden. Alle Urkunden sind der großen Reihe der Allgemeinen Urkundenreihe (AUR) im HHStA eingegliedert.Durch das Monasteriumprojekt wird es gelingen den gesamten durch die politischen Umstände der letzten 200 Jahre teilweise auseinandergerissenen Urkundenbestand des alten Erzstiftes Salzburg virtuell wieder zu vereinigen, da auch die in München befindlichen und die in Salzburg zurück gebliebenen Teile über das Monasteriumportal zugänglich gemacht werden.

F. Koller, Das Salzburger Landesarchiv, Salzburg 1987, S. 8-24.B. Uhl, Die Salzburger Bestände im Bayerischen Hauptstaatsarchiv, in: Mitteilungen für die Archivpflege in Bayern 23 (1977), S. 14-28.

A. Mudrich, Das Salzburger Archivwesen, in: Mitteilungen des k.k. Archivrates II (1916), S. 1-22. 3)

Salzburger Urkundenbuch, bearb. v. Willibald Hauthaler und Franz Martin, Band II und III, Salzburg 1916 und 1918 (SUB).

F. Martin, Die Regesten der Erzbischöfe und des Domkapitels von Salzburg, Band I-III, Salzburg 1928-1934 (MR).

Zur Geschichte des Erzstiftes und Landes Salzburg siehe: Geschichte Salzburgs, hrg. v. H. Dopsch und H. Spatzenegger, Band I und II, Salzburg 1981-1991.